En 2040, Sadie et Noah, deux adolescents, tentent de découvrir qui a assassiné la famille de l'un et ce qui a mené le frère de l'autre à la démence. Pour ce faire, ils plongent dans l'univers de la nano-dimension munis de leurs armes, les nano-robots capables de s'infiltrer dans le corps humain.
La guerre fait rage dans la nano-dimension. Noah et Sadie réalisent qu'ils sont pris au piège et cherchent un moyen de s'en sortir. Bug Man, qui a pris le contrôle du cerveau du président des Etats-Unis, se rend compte qu'on ne peut pas jouer impunément avec la santé mentale.
